La Maestría en Ciencias Agroalimentarias se desarrolla con dos Líneas de Generación o Aplicación Innovadora del Conocimiento (LGAC):

LGAC 1. Producción Agrícola en el Trópico Húmedo (PATH)

Está orientada al estudio de la producción agrícola. Las principales sublíneas de estudio son: 1) Producción, nutrición, fisiología y recursos genéticos de cultivos tropicales; 2) Manejo y conservación de suelos; 3) Biología, ecología, taxonomía y Manejo integrado de plagas; 4) Producción y manejo sustentable de praderas tropicales.

LGAC 2. Ciencia y Tecnología Agroalimentaria (CTA)

Está orientada a los procesos de caracterización, formulación, optimización e innovación de los productos y subproductos de origen animal y vegetal. Las principales sublíneas de estudio son: 1) Aspectos de calidad durante el proceso poscosecha de productos agrícolas; 2) Transferencia de masa y energía en procesos de deshidratación de alimentos; 3) Biotecnología de lípidos, 4) Desarrollo y caracterización de alimentos funcionales; 5) Caracterización y evaluación de la canal de rumiantes, así como tecnología de productos pecuarios.